Pouco depois do lançamento do jogo Pokémon Shuffle, jogadores acharam uma falha no jogo que os permite utilizar qualquer Pokémon que eles desejassem no match-three puzzler.
Devido à esta falha, a Nintendo enviou um pedido de desculpas pelas notificações do jogo e ainda distribuíram um Jewel de graça para todos os jogadores, independente de terem conhecimento ou não da falha.
A nota de desculpas emitida pela empresa diz o seguinte:
"Nós pedimos desculpas por qualquer inconveniência que a falha no sistema pode ter causado que ocorreu por volta do dia 19/02", "Nós gostaríamos de presentear nossos jogadores com 1 jewel como pedido de desculpas".