Com a chegada de novas mega evoluções, itens, golpes, mecânicas em Omega Ruby & Alpha Sapphire, a compatibilidade clássica entre jogos da mesma geração foi alterada, possuindo uma série de regras, principalmente por X/Y não ter recebido um patch que aceita o uso de Mega Stones encontradas apenas em OR/AS. A seguir, confira as funções que podem ser utilizadas ou não nos jogos:
BATALHAS
 |
| Mega Blaziken é compatível com todas as versões da sexta geração |
Entre Omega Ruby & Alpha Sapphire o jogador pode usar qualquer item/pokémon, já quando estabelecer uma conexão com Pokémon X & Y, várias restrições serão impostas. Essencialmente, você não pode usar qualquer uma das novas megas evoluções, movimentos e habilidades na batalha contra esses jogadores.
Na Free Battle, Pokémon X & Y e OR/AS executam diferentes sistemas de matchmaking para que os jogadores encontrem uns aos outros. Na Rating Battle, eles também utilizam diferentes sistemas: 1 - ΩR / AS League: Aberto apenas para jogadores de Pokémon Ruby & Omega Alpha Sapphire. Esta liga permite que você use apenas Pokémon que foram capturados, chocados ou distribuídos em Pokémon X, Y, Omega Ruby & Sapphire Alpha.
2 - XY League: Aberto apenas para jogadores de Pokémon X & Y. Esta liga permite que você só use qualquer Pokémon, incluindo os que foram transferidos de Pokémon Black, White, Black 2 ou White 2.
Quando você for para a batalha com um jogador de X & Y, o jogo vai dizer que ele está mudando para regras de Kalos. Se sua equipe não cumprir as qualificações, você poderá mudar os itens ou outras coisas incompatíveis na sua formação.
Resumindo: batalhas utilizando mega stones, lendários em sua formal primal, golpes, itens e habilidades exclusivas de OR/AS com X/Y não são compatíveis, assim como o Cosplay Pikachu, que quando usado, apresenta-se como Pikachu fêmea (sem os trajes) para os jogadores de X/Y.
TROCAS
 |
| As formas Primal não podem ir a X/Y |
As trades também sofreram muitas limitações junto a X/Y. Confiram o que é possível e o que não é possível trocar entre as versões da sexta geração:
1. Todos os Pokémon presentes na National Dex de X/Y e OR/AS podem ser trocados via GTS, Wonder Trade, Local e Online.
2. Itens introduzidos em OR/AS NÃO PODEM ser trocados com X/Y, incluindo as novas Mega Stones.
3. Itens introduzidos em X/Y PODEM ser trocados com OR/AS, incluindo as Mega Stones presentes em Kalos. Entretanto, há limitações quanto ao Wonder Trade e GTS.
4. Cosplay Pikachu NÃO PODE ser trocado com X/Y, apenas com as respectivas versões de Hoenn.
POKÉMON BANK
 |
| Cosplay Pikachu é totalmente exclusivo e compatível com OR/AS |
OR/AS possui total compatibilidade com o aplicativo, também conectado a X/Y. Se você carregar um Pokémon com um movimento que não está em X & Y, ele não vai deixar você transferi-lo para as versões de Kalos. Cosplay Pikachu também não pode ser passado para X/Y.