Enquanto todos os outros jogos de Pokémon possuem uma única equipe do mal para você enfrentar, Pokémon Ruby & Sapphire entrou em uma rota diferente e permitia que você visualizasse o combate entre duas equipes no mesmo continente. Pokémon Omega Ruby & Alpha Sapphire irão manter essa mecânica. No jogo, você vai encontrar as duas equipes, mas você só vai lidar com uma equipe com um antagonista principal, dependendo da versão.
Team Magma
A Equipe Magma é liderada por Maxie e seus dois administradores Tabitha e Courtney. Sua intenção é despertar o Pokémon Lendário, Groudon, e transformar o mundo em uma massa de terra gigante (em Omega Ruby). Eles se especializam em Pokémon do tipo Fogo e irá ajudá-lo a parar a Team Aqua em Pokémon Alpha Sapphire.
Team Aqua
A Equipe Aqua é liderada pelo personagem Archie e seus dois administradores Matt e Shelley. Sua intenção é despertar o Pokémon Lendário, Kyogre, e transformar o mundo em um oceano gigante (em Alpha Sapphire). Eles são especializados no tipo Água e vai ajudá-lo a parar de Equipe Magma em Pokémon Omega Ruby.