ORAS apresentam bases secretas. No entanto, estas foram totalmente atualizadas e integradas ao hardware e software Nintendo 3DS, e agora são chamados de Super Secret Bases. Para criar uma base secreta, você precisa ter um Pokémon que conheça o movimento, Secret Power, e levá-la a um dos muitos lugares da região de Hoenn. Estes são todos indicados por um pequeno bloco retangular em paredes ou árvores. Quando usado, a Base Secreta é aberta e você pode, então, entrar nela.
Compartilhando sua base
Um dos aspectos fundamentais de bases secretas é a capacidade de compartilhar a sua base secreta com outros jogadores. Enquanto nos originais, isso foi feito simplesmente pela mistura de registros, em ORAS, há duas maneiras diferentes de fazer isso.
StreetPass: A primeira é usando o recurso StreetPass do 3DS. Quando você tem esse recurso ativado, sempre que você passar localmente com outro jogador de ORAS, ele irá baixar os dados para o seu jogo. QR Code: O segundo método permite que você compartilhe a sua base secreta com pessoas ao redor do mundo. No PC, você pode criar um QR Code especial para o seu Secret Base, que é então guardado no seu cartão SD para que você possa carregar. Quando as pessoas escanearem o QR Code usando a câmera Nintendo 3DS, eles vão ganhar acesso à sua base secreta.
Decorando sua base
Um dos pilares das bases secretas é ter a capacidade de decorar completamente sua base. Isso é feito com uma variedade de itens que você pode obter ao longo do jogo. Isso ajuda você a personalizar completamente o espaço, com base em seus próprios gostos e desgostos.
Secret Pals
Quando você vai para bases secretas de outras pessoas, você vai conhecer uma representação de seu jogador. Lá, você pode interagir com estes jogadores e convidá-los a voltar para sua base, para ajudar a construir uma quantidade especial de Pals. Cada amigo secreto tem uma variedade de recursos que estão disponíveis quando você fala com eles.
Batalhando: A principal característica é para combater os outros jogadores.
Egg Nurturing: Uma das habilidades especiais é a capacidade de fazer ovos eclodirem mais rápido
Level Up: Alguns amigos secretos vão elevar o nível do seu Pokémon Decorations: Você pode receber várias decorações de seus amigos.
Capture The Flag
Outra característica das bases secretas, e que decorre mais de Diamond & Pearl, é a opção Flag Capture. Uma vez por dia, você pode ir em cada base secreta e recolher as bandeiras. Quanto mais bandeiras você coletar, maior será o seu Rank.
Gyms
Outro recurso incluído é a capacidade de definir regras de batalha. Isso permite que você transforme a sua Base Secreta em um pequeno ginásio com você mesmo como o líder do ginásio. A extensão total dessas regras não são atualmente conhecidos, mas eles incluem a possibilidade de definir o tipo de batalha, como Single Battle ou Double Battle.